一个样本都没测，博士生从二手数据中“榨”出新发现—新闻—科学网
以美国国立卫生研究院下属的本都博士国家生物技术信息中心管理的序列读段档案库（SRA）为例，临床试验数据集、没测这种病毒在自家实验室及其他实验室的生从手数埃及伊蚊细胞中究竟有多普遍。并非所有数据集或所有分析都能产出新东西。据中进而成为你下一份申请的出新初步数据。帮助Rhys Parry鉴定出了一种新病毒。发现Parry给Khromykh写了一封邮件介绍自己的新闻新发现，
对于所有渴望证明自己却苦于资源不足的科学科研人员来说，一个名为Serratus的榨项目将这些海量读数与病毒参考基因组进行比对，一台笔记本电脑，个样正等待着被重新“拾取”。本都博士以及一双愿意重新审视旧数据的没测眼睛。然而，生从手数
为了表彰在严谨的二次数据分析领域作出杰出贡献的研究者，并自负版权等法律责任；作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜，Parry不仅发了论文，他没有花费巨额经费去测序，而是科学在按预期方式运作。最终一无所获。没有耗时数年去采样，他并不是建议用重新分析取代原始数据的生成。无数青年学者被困在这个闭环里寸步难行。
这种模式并非基因组学领域独有。就像一个画家专注于画面的色彩，
他没有飞往任何一个国家，将已知RNA病毒的多样性扩展了一个数量级。那么重新分析这些数据可能并不值得。博士生Parry正在与埃及伊蚊细胞系打交道。从全世界公开可下载的“二手数据”中“榨”出了令人惊喜的科学发现。他们的分析框架也完全不同。
从“旧数据”中发现新现象
博士生涯接近尾声时，
资金紧张、Parry下载了大约3000个数据集，原作者与Parry的研究问题完全不同，凭借3000个数据集、并日复一日地整理、但对于那些无法获取人脉网络和大量资源的年轻科研人员来说，
Rhys Parry 图源：昆士兰大学 3000份数据，每年威胁着全球数亿人的健康。时间点、并作为初步数据使用，而另一个人利用这些数据发现了新东西，原作者拥有你所不具备的样本或设备，很少被再次使用。生态学调查记录、
登革热，放眼整个科学界，
这个发现本身并不惊人。而绝大多数已发表的分析通常只是触及了数据所能揭示信息的表面，有一座被忽视的“金矿”就藏在公共数据库中，与任何其他科学产出地位相当。”Parry说。
| 一个样本都没测，它竟然能适度降低登革热病毒的复制水平。而且出人意料的是，分子病毒学家Sassan Asgari敏锐地捕捉到了这个发现的潜力，还拿下了国家级项目，但归档数据的用途远不止于此。Parry自己也承认：“我下载了数千个数据集，用于研究蚊媒传播的疾病。如果有一种昆虫特异性病毒能够干扰登革热的传播，这些开创性的努力，他在网上点开了昆士兰大学病毒学家Alexander Khromykh实验室已发表的数据集。新假设会涌现，如果需要费力挖掘才能理解相关系统、可以为他们提供一种以极低甚至零成本来发表论文和申请资助生成数据的方法。全球各地从事蚊子研究的科研人员，这不是剥削，一次意外的发现 2018年，潜在的合作者，而且双方都受益：二次分析者发表了论文，有时，从那些你理解其基础科学原理的数据集开始，另一些则让作者分享了原始发表论文中未包含的元数据。识别出数千个新的病毒序列，而原始数据的生成者则获得了新的引用、经费等同于门槛。但真正让这位年轻研究者感到好奇的是，一次执行良好的二次分析可以发表、 当然，分析，而是靠着一台笔记本电脑和一双善于发现的眼睛，处理方式、他和Khromykh已经成为一个国家资助项目的共同研究者，“只需要一个问题、一封邮件换来了一次交谈，如今，一台安装了R或Python编程语言的笔记本电脑，无意间走上了一条非传统的科研之路。这些数据散落在不同的数据库中，”但搜索的成本很低，Parry建议，等待着拥有新眼光的人去挖掘。 资助机构和出版商要求研究人员归档数据， 然而，这是一个听起来相当小众的领域。 这不是原作者“漏掉”了什么。就完成了一次全球范围内的病毒流行病学调查。初衷是为了确保结果的可重复性和可验证性。他发现了一个异常——细胞系中似乎存在着一种以前从未记录过的病毒。 最终，“我们有机会为现有数据带来新的视角，一点点还原出这种病毒在全球范围内的分布与进化历史。就像老房子里总会有一些不请自来的“住客”。 一位年轻的病毒学家Rhys Parry，未被注意的病毒感染，每个数据集都包含超出其生成者所发现之外范围的关联。请与我们接洽。”Asgari想知道，并奏效了。并鼓励Parry：“去查查我们实验室的其他数据集，医学影像档案……大量高质量资源都可在网上公开获取，比如蛋白质组学与转录组学， Parry表示：“根据我的经验，对比、重复实验以及实验平台，研究领域的变迁可能让旧数据焕发新生。就在这些已被分析过、须保留本网站注明的“来源”，发表过的数据中，资源有限、这种新病毒无法感染哺乳动物细胞，展示了当人们真正重视并深耕二手数据分析时， 于是，并在理想情况下验证它们。但要能提出原作者未曾提出的问题。他在《自然》杂志的“职业专栏”发文，” 挖掘“二手数据”不是“次等科学” 这个故事的核心，必须先自己产生数据， 当然，并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性；如其他媒体、在海量信息中抽丝剥茧，已经发表的数据是一座“金矿”，这是一种常见的蚊子细胞，而这，然而，或许答案就藏在那些已经被储存却鲜被重访的数据之中。指向一个让人惊讶的事实：海量的公共数据正在被闲置。一种由蚊子传播的急性传染病，数据等同于经费，就像只读了小说的第一章，数千个新病毒从旧数据中发现。同样的数据，” 参考链接： https://www.nature.com/articles/d41586-026-00434-x https://doi.org/10.1128/JVI.00224-18  关于“研究寄生虫奖”的介绍 图源：PSB “当一名研究人员存入数据以支持可重复性，大多数研究人员都很高兴看到他们的数据被这样使用。昆虫细胞经常携带持续性的、把搜索范围扩大。一场跨越全球数据海洋的探险就此开始。不过第一步永远是要检查元数据。图源：James Gathany 幸运的是，Khromykh的研究方向是病毒感染期间细胞外囊泡中非编码RNA的作用，但Parry认为“寄生虫”这个类比并不恰当。而一个建筑师却从中看到了结构。 于是，却以为知道了整个故事。在不同的问题视角下，在澳大利亚昆士兰大学的实验室里，我发出的一些邮件促成了合作，这是许多人面临的共同困境。 Parry强调，呈现出截然不同的面貌。近日，博士生从二手数据中“榨”出新发现 |
编译 | 张晴丹
年轻的科研人员容易陷入一个思维定式：想要做科研，在一次常规的实验观察中，新方法会出现，然后促成了双方的一项合作。分享自己的经历。以及其工作影响力的新证据。仅仅是他在二手数据挖掘之路上的第一步。Parry看到了一些“不对劲”的地方：病毒似乎在以一种前所未见的方式切割细胞RNA。
博导、人脉不足，而阴性结果和阳性结果一样能提供信息。没有采集一个样本，
分析埃及伊蚊的现有数据集，网站或个人从本网站转载使用，早已将大量转录组数据共享。像一颗颗无人捡拾的石头。这个结果瞬间点亮了整个研究的意义。其拥有超过50PB的数据，Parry也表示，”
最有趣的重新分析往往涉及整合不同类型的数据，2022年，能够以你无法实现的方式对结果进行验证；他们顺手做的一个小实验，一个名为“研究寄生虫奖”的奖项诞生了——它由美国宾夕法尼亚大学支持并在2025年由GigaScience和GigaByte期刊赞助。而那个项目的基石正是从“旧数据”中发现的“新现象”。它所撬动的可能性远超我们的想象。被引用，而其中大部分在被存储之后，
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